Tuomasmessuun kuuluu aina ehtoollinen. Ehtoollinen on kirkon sakramentti, jossa Kristus on läsnä. Ehtoollinen on yhteyden ateria, joka yhdistää meidät yhdeksi Kristuksen kanssa, mutta myös toisiimme.

Kaikki kastetut kristityt ovat tervetulleita ehtoolliselle. Kastettu lapsi voi osallistua ehtoolliselle yhdessä vanhempiensa tai muun aikuisen kanssa. Lapsi voidaan myös siunata, jos hän ei halua ottaa vastaan ehtoollista tai ei vielä tunnista ehtoollisen merkitystä.

Tuomasmessussa ehtoollista jakavat papit, diakonit ja vapaaehtoiset ehtoollisavustajat. Ehtoollisleipä on gluteenitonta ja saatavilla on myös alkoholitonta viiniä.