Tuomasmessun tarina alkoi 1980-luvun lopulla Helsingissä.  Ryhmä nuoria teologeja ja maallikoita halusi luoda ehtoollisjumalanpalveluksen, kaupunkilaisen messun, johon itse haluaisivat osallistua. Ryhmässä oli mukana muun muassa Anna-Maija Raittila, joka keksi nimen Tuomasmessu, Olli Valtonen ja Miikka Ruokanen ja monia monia muita.

Ryhmän jäsenet edustivat erilaisia kristillisiä suuntauksia ja spiritualiteettia, joten messu sai musiikin, hiljaisuuden ja mysteerin aineksia Taizéestä. Evankelikaalit halusivat paikan, johon he voisivat kutsua uusia ihmisiä. Karismaatikot halusivat rukoilla yhdessä toisten kanssa ja puolesta. Ortodokseilta mukaan adoptoitiin pyhä kaaos rukousalttareineen, mahdollisuutena liikkua messun rukousjakson aikana ja sytyttää tuohuksia.

Lopputuloksena syntyi Tuomasmessu. Ensimmäistä Tuomasmessua vietettiin huhtikuussa 1988 Helsingissä, Mikael Agricolan kirkossa